نرم افزار طوفان الاقصی پاسخ به تعدادی از مهمترین شبهات و سؤالات روز جامعه با موضوع فلسطین در قالب نوشتار، صوت و کلیپ است.
عناوین پرسش‌ها عبارتند از:
اقدام متقابل غیر انسانی در جنگ، تجویز جنگ جهت دفع شر، کشتن غیر نظامیان در جنگ، نحوه برخورد با اجساد دشمن
صاحبان اصلی بیت المقدس، تاریخچه جنایات اسرائیل، محکومیت حمله به غیر نظامیان، چرایی عدم مسابقه با ورزشکاران اسرائیلی، برخورد رزمندگان مقاومت با غیر نظامیان اسرائیلی، اثرات نبرد طوفان الاقصی برای ایران، علت حمایت نظامی ایران از کشورهای دیگر، کمک مالی به فلسطین، علت حمایت آمریکا از اسرائیل
تاریخچه مسجد الاقصی، اهمیت بیت المقدس برای اسرائیلی ها، دین ساکنین فلسطین قبل از ورود اسلام، اسلام یا مسیحیت صاحبان اصلی فلسطین، حضرت زینب علیها السلام و نفرین مردم فلسطین، وجه تسمیه فلسطین اشغالی، موضع پادشاهان ایرانی نسبت به ساکنان فلسطین
صهیونیسم مسیحی و یهودیت، ایونجلیسم و صهیونیسم مسیحی، مورمون‌های صهیونیست، صهیونیسم مسیحی و نشانه‌های آخرالزمان، جنگ آرماگدون

از مزایای مهم این نرم افزار می توان به پادکست‌ها، صوت پرسش و پاسخ‌ها، کلیپ ‌ها و امکان اشتراک گذاری متن و همچنین ارسال سؤال کاربران برای دریافت پاسخ اشاره کرد.