بنياد فرهنگ جعفري عليه السلام در سال 1382 فعاليت خود را آغاز نموده است. اين بنياد هدف خود را تقويت و ترويج مباني و معارف مکتب جعفري اثني عشري و پاسخ گويي به شبهات معاندان نسبت به تشيع به ويژه در حوزه امامت و ولايت و پيرايش تاريخ اسلام از زنگار تحريف قرار داده است. براي دستيابي به اين مهم، هيئت امناي بنياد از حضرت آيت الله شيخ محمد رضا جعفري تقاضا نمود که جهت نظارت و پشتيباني علمي اين حرکت به قم مهاجرت نمايند.موافقت و استقبال ايشان که همراه با انتقال ميراث علمي ايشان به اين بنياد صورت گرفته است، سرمايه اصلي مرکز را در آغاز فعاليت خود تشکيل داده است. تحقيقات وسيع و بديع ايشان، گستره هاي مختلفي مانند تاريخ، تفسير، کلام، رجال، حديث، فرق و مذاهب را در بر مي گيرد.