اهداف دبیرخانه کنگره جهانی مقابله با جریان های افراطی و تکفیری عبارت از تبیین و ترویج اندیشه اسلام اعتدالی و گسترش فرهنگ هم زیستی مسالمت آمیز و هم گرایی امت اسلامی در راستای دست یابی به تمدن اسلامی؛وشناسایی، بررسی و نقد علمی تفکرات و اندیشه های تکفیری، افراط گرایانه و خشونت طلبانه؛وتوسعه و گسترش سهم نرم افزاری و نظری اسلام اصیل در مدیریت اندیشه و ساختاردهی به جغرافیای معرفتی جهان اسلام؛و آگاه سازی و تبیین مخاطرات و مشکلات حاصل از تفکرات تکفیری و اقدامات خشن و افراطی در میان ملت های مسلمان؛واتحاد و هم گرایی علمای اسلام و موضع گیری های جهانی علیه تفکرات و جریان های افراطی و تکفیری است.